後端營運總費用在法規、政策或技術有重大的更動，而可能影響後端營運費用時進行重新估算。根據最新的估算，以現正運轉中6部核能機組，運轉壽齡40年，高、低放射性廢棄物均採境內處置方式為計算基礎，合計約須新台幣3,353億元 (97年幣值)。

後端營運資金之籌措，係每年自每度核能發電成本中攤提至後端基金。每年每度核能發電應分攤之後端費用，(簡稱「分攤率」)，係以當年度幣值估計「待完成後端營運總費用」，扣除「已經提列的基金累計本利餘額」後，除以「未來核能淨發電度數總和」求得；若再將計算出之「分攤率」，乘以該年實際核能淨發電量，即為當年度實際應提列之後端基金金額。

核能發電後端營運基金於76年成立，並開始提撥至民國100年5月底止，基金餘額已累積約新台幣2,108.49億元。考量每年核能發電總度數約400億度，以近年提撥率約新台幣0.17元攤提，每年約可提撥新台幣68億元至後端基金。

依目前後端營運發展狀況來看，台電公司估算之核能發電後端營運總費用屬合理，預期未來此筆費用將隨物價指數調整(增加)，然在正常經濟發展狀況下(利率大於物價指數)，所提存後端基金孳息已足夠涵蓋物價指數調整之影響。

歷年我國後端營運費用攤提率介於0.14~0.18元間，與世界上其他主要核能國家相較(詳如附表)差異不大，約居中上水準。