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經濟部於113年10月4日核定核能後端營運總費用約4,774.7億元(111年版)；並因應近年情勢變動113年12月31日核定增加總費用的準備金294.6億元，並於114年10月20日核定應提撥金額，因此目前核能後端營運總費用約5,069.3億元。各分項費用估算如下表:
| 項 目 | 費 用(億元) | 百分比(%) | ||
| 1.核能電廠除役 | 1,706.00 | 33.7% | ||
| 2.蘭嶼低放貯存 | 17.6 | 0.3% | ||
| 3.乾式貯存 | 550.7 | 10.9% | ||
| 4.(集中式)中期暫時貯存-註1 | 589.9 | 11.6% | ||
| 5.低放最終處置 | 247.6 | 4.9% | ||
| 6.高放最終處置 | 1,402.0 | 27.7% | ||
| 7.回饋金 | 425.3 | 8.4% | ||
| 8.營運管理-註2 | 130.3 | 2.6% | ||
| 總費用合計-註3 | 5,069.3 | 100% |
註1：依據108.3.15.行政院非核家園推動專案小組第四次會議共識同意優先推動「中期暫時貯存設施」。
註2：後端基金管理會相關推動組織之運作費用。
註3：總費用(含準備金)差異0.01為四捨五入所致。
為精準反映國內外核廢料處理現況，將依據經濟部令頒「核能發電後端營運基金費用收取辦法」第三條規定，每隔五年或有重大情事變更時，進行重估。並在確保安全前提下，撙節執行各項後端計畫項目，並持續納入國際最新後端營運技術資訊等。
| 核能後端營運總費用估算-核定公告版(113年10月核定) |